U razdoblju od 1997. do 1999. Alkaloid je, kao predvodnik u regiji i šire, bio među prvim kompanijama u regiji koje su certificirale Sustave upravljanja kvalitetom svojih profitnih centara (Farmacija i Kemija, kozmetika i biljni proizvodi), u skladu s međunarodnom normom ISO 9001. U razdoblju 2000.-2001. Alkaloid AD Skopje bio je prva tvrtka u Makedoniji (od 2019. Republika Sjeverna Makedonija) koja je dobila certifikate Sustava upravljanja okolišem u skladu s međunarodnom normom ISO 14001 za profitne centre Biljni proizvodi i Farmacija.
Sve ISO certifikate izdalo je certifikacijsko tijelo Quality-Austria (bivši ÖQS) i akreditirala međunarodna certifikacijska mreža IQNet. U 2002. Alkaloid je pokrenuo novu tvornicu za proizvodnju čvrstih oblika lijekova za oralnu primjenu, izgrađenu u skladu s europskim i međunarodnim zahtjevima dobre proizvođačke prakse (GMP). Potvrda usklađenosti s ovim zahtjevima bila je osnova za prvi GMP certifikat o sukladnosti koji je izdalo makedonsko Ministarstvo zdravstva.
Istovremeno je Alkaloid dobio i GMP certifikat za novu tvornicu za proizvodnju cefalosporina u skladu s domaćim propisima, EU Direktivama 2001/83/ЕZ i 2003/94/ЕZ i smjernicama WHO-a. Počevši od 1998. Program Biljni proizvodi potvrđen je prvim certifikatom metoda organske proizvodnje sukladnih Direktivi EU 2092/91, koji je izdala tvrtka Control Union Certifications (bivši SKAL) Nizozemska, što je prvi certifikat te vrste na Balkanu. Međunarodni značaj certifikata za metode organske proizvodnje potvrđen je na tri kontinenta provjerom u skladu s Nacionalnim organskim programom (The National Organic Programme) Ministarstva poljoprivrede SAD-a i japanskim poljoprivrednim normama Organic JAS od strane tvrtke Control Union Certifications iz Nizozemske.
Proizvodnja medicinskih proizvoda - koncentriranih otopina za hemodijalizu i rendgenskih folija iz programa Kemijski proizvodi dobio je su CE certifikate u razdoblju 2007.-2010. koje im je dodijelilo renomirano certifikacijsko tijelo DEKRA Certification B.V. (bivši KEMA Quality B.V) iz Nizozemske. U 2011. Program Kemijski proizvodi - Medicinski proizvodi dobio je certifikat Sustava upravljanja kvalitetom za uvođenje i ispunjenje zahtjeva norme ISO 13485. Potvrda predanosti tvrtke Alkaloid AD sloganu „Zdravlje prije svega“ je HACCP certifikat za proizvodnju sigurne hrane, izdan 17. travnja 2007. postrojenju za proizvodnju Biljnih proizvoda za cjelokupni proizvodni program: čajevi, dodaci prehrani, začini, sušeno povrće, sol i „Zachinal“, kojeg je izdala tvrtka Quality Austria. Prvi matrični audit Alkaloidova Integriranog sustava upravljanja (IMS) provela je tvrtka je Quality Austria 2012. godine, čime je potvrđena njegova sukladnost s međunarodnim normama ISO 9001 i ISO 14001 (100% proizvodnih objekata i procesa) za ALKALOID AD, , sukladnost s normom ISO 13485 za profitni centar Farmacija i program Kemijski proizvodi, kao i potpuna sukladnost s HACCP načelima i zahtjevima za Program Biljni proizvodi i PC Farmacija.
Briga za okoliš jedno je od dugoročnih načela poslovanja društva Alkaloid AD – Skopje, pa je stoga sustav upravljanja okolišem dio njezina integriranog sustava upravljanja. U 2012. Ministarstvo zaštite okoliša i prostornog planiranja dodijelilo je A dozvolu za PC Farmacija na lokaciji Avtokomanda za sukladnost s operativnim planom integriranog sprječavanja i kontrole onečišćenja, uključivši Alkaloid među društveno odgovorne kompanije koje u proizvodnji vode računa o integriranom sprječavanju i kontroli onečišćenja okoliša. U 2020. godini Alkaloid AD Skopje ojačao je vodeći položaj ishođenjem Certifikata za sukladnost sa zahtjevima međunarodne norme ISO 45001.